外面沸沸扬扬，真正能决定一切的许进臣，却头疼于本土的变故，他不能不考虑本土对南亚的影响，因为朝廷和都督府派来的使节都来了。
本土传来的消息混乱不堪，一些消息说皇帝罢免了大都督，并在东林党人的推动下，有计划地逐步收回殖民地的管辖权；另一些说法则是大都督已经集结了数十万大军，随时可能推翻朝廷，建立新朝。
朝廷使节给许进臣的承诺是：如果许进臣领军回国，支持朝廷，朝廷将正式册封他为南亚王，世袭罔替；许诺他为大明西南兵马总指挥使，主持西南军务，协助管理东南亚殖民地；这位使节保证，喜马拉雅诸国和乌斯藏效忠皇帝，到时候将帮助他镇压叛乱。
都督府的使节向他重申《殖民法》，表示都督府绝不干涉殖民地内部事务，并要求许进臣遵循法令，不得干涉本土内政。这位使节甚至暗示他，总督喜马拉雅的肖楚联是新党成员，如果他领军北上，不仅来自本土的物资将被断绝，喜马拉雅的驻军也将与他为敌。
两位使节的不同态度，或许可说明都督府在军事上是占据优势的，朝廷需要他领军回国，都督府只要他置身事外就行了。
不过，军事上的优势并不能说明一切，都督府组建的国防军驻防全国，殖民军不计其数，但1634年西北军兵败波斯，都督府因为过度扩张，以至于到了无兵可派的地步，不得不从局势并不稳定的南亚调兵，酿成了一场灾难。
三四十年代，皇帝和都督府的斗争表面化，传说都督府数次调兵，皆因诸多顾忌而放弃，转而利用来自殖民地的财富扩大都督府在民间的影响力。
1647年，都督府主要财源的南洋殖民地不堪重负，驱逐殖民官员，将贸易权转交给西人，都督府不得不调兵弹压，这次弹压虽然没有酿成流血冲突，却让南洋移民不再信任本土商人。
1650年三月，以马达蓝李家为首的十九世家，联合上万移民庄园发表声明，自组兰芳公司，所有南洋移民庄园出产统一由公司收购外贸，外来商人不得直接与移民庄园联系采购，废除本土商人的贸易垄断，只承认明国商人的优先权。
《兰芳宣言》直接触犯了都督府的利益，通过兰芳公司的转口贸易，都督府的殖民收入缩小了三分之一。八月，都督府宣布兰芳公司非法，南洋舰队封锁南洋主要贸易港口，隔绝外来船只，逼迫公司解散。
兰芳公司随即组建自己的贸易船队，在《殖民法》的保护下，悬挂rì月十字星旗的兰芳船队在南洋舰队
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