在商凌的建议下，朱燮元没有杀浙直总督邱忠良。商凌说：虽然部堂有尚方宝剑，可以先斩后奏，但邱忠良到底是一方大员，擅杀同僚并无好处。
朱燮元认为有理，只有随时维护中央的生杀大权，才不会让人忌惮、也不会遭来言官的非议。于是朱燮元下令将一干人等押解回京，交由三司法处置。
人犯到京之后，张问根本没叫人审，直接让三司法宣布邱忠良罪大恶极，诛灭九族。邱忠良等人刚到京师，从囚车上一下来就被砍了脑袋，他在京师的府邸也被玄衣卫和锦衣卫抄没，府里的亲戚妻儿、丫鬟奴仆几百人全部被马上斩首……后来又抓到了他的授业老师、有往来的朋友、远房亲戚等有牵连的人，以及他们的亲属家奴都被杀了，导致这个案子死亡几千人。
九月初，内战发生已经过去三个多月。一日，张问在内阁同时收到了两份奏章，一份塘报，一份邸报。
通政司的官员提醒道：“张阁老，有一份是边关八百里加急。”
张问强作镇定道：“我知道了，你下去，把元辅请到值房来。”
他先看那份急报，是从三屯营发来的。还没看内容，张问心里顿时就是一紧，三屯营，是靠近北面边墙的桥头堡：建虏来了？
这时内阁首辅顾秉镰走进了张问的值房，见张问眉头紧皱，正在看奏章，便问道：“张阁老，发生了什么事？”
张问把手里的急报递给顾秉镰：“果不出所料，建虏来了，京师又得准备恶仗。”
顾秉镰急忙浏览急报，张问又扯开另一份奏章，是南方朱燮元上的折子。朱燮元汇报了他在江南稳定局势的一些政策，还报告了福王主力的动向。
张问从椅子上站起来，走到书案旁边的一张大地图前面，一边看奏章一边看地图，他头也不回地说道：“朱燮元上奏说福王没有与西大营决战的意图，正在湖广方向运动，河南汝宁、南阳，湖广襄阳、德安、黄州等府城已经沦入福王叛军之手，有一部分兵力仍在凤阳府境内。”
张问在说福王，顾秉镰却答非所问，说起了北面的建虏，这是人之常情，建虏都入关了，北面才是火烧眉毛的事儿。顾秉镰焦急地说道：“三屯营告急，张阁老准备怎么布置兵力抵御建虏？”
“熊廷弼在蓟州，朱彦国和侯世禄在昌平，连同各城池守军，京师外围的总兵力十几万人，要挡住建虏并非难事……关键在南方，如果能够把西大营调回京师，必定能够迅速击退建虏。”
顾秉镰道：“南方
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