虽然杨坚口喻中说让杨广坐镇建康，但实际上，杨广最终上任的地方却是江都，官名也不是先前所说的江南道行台尚书令，而是扬州总管。这显然是觉得江南道行台尚书令这个职位一旦产生，职权实在太大，若承袭下去，一旦天下动荡，江南实在有再次分裂的可能。
杨广之所以在江都上任，是因为当初拿下陈国之后，杨坚便任命第三子秦王杨俊为扬州总管四十四州诸军事。筑江都新城，将六朝故都的建康城夷为平地，做“平荡耕垦”之举。既然城都没了，杨广自然也不可能去那里，不然的话，难道在田里办公？四月壬戌，杨坚又颁布诏书，令吴越之野的“戎旅军器，皆宜停置”，“人间甲仗，悉皆除毁”。为加强控制，在江南置八个总管府，任关陇人士为总管。陈境原有郡县进行省并，“牧民者尽更变之”。地方官一律改委北人。又令“江表依内州责户籍”，对乡里基层组织也按北方的编制进行整顿。这些措施皆“尚关中旧意”。在陈亡后短时期内推行，且十分严厉，表现出明显的“关中本位”凭借关陇武力以镇四方的意图。
六朝割据江南已整整四百年，南北对峙，南人骂北人为“索虏”，北人辱南人为“岛夷”，大江南北并非同质的统一社会，各方面的差异都很大。大隋朝必须在消弥分歧的政治与文化的背景下建立新的统一，这是一件极其艰巨而复杂的事业。简单粗暴的高压政策无济于事，并不能安定江南政局。
武力征服之余，杨坚也不是没有试图利用当时南方民众已普遍接受的佛教来消弭南北地域在社会心理、文化风俗上的差异。他“承周武之后，大崇释氏，以收人望”。释史亦云：“隋高廓清百越，文轨大同，开皇十年，敕僚庶等有乐出家者并听。”但杨坚虽以复兴、护持佛教自许，却把佛教——尤其是南方佛门严格置于皇权之下。开皇十年正月十六日，文帝修书告诫南方佛门头面人物天台大师：“大师既已离世纲，修己化人，必希奖进僧伍，固守禁戒，使见者钦服，闻即生善，方副大道之心。是为出家之业，若身从道服，心染俗尘，非直含生之类，无所归依，仰恐妙法之门更来谤渎。宜相劝励，以同朕心。”以此责令天台大师认清形势，不要与新朝作对，而应转变立场，与朝廷保持一致。
原本这些话是不需要他说的，因为前者萧逸风就曾代表杨广为南方佛门许下了这个诺，杨坚如果按当时萧逸风许诺的做，南方佛门恐怕已经安定下来了。
但是，杨坚对陈境林立的佛寺却采取了严厉措施，释史有云：“隋朝克定江表，宪令惟
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