六月二日，伊藤博文在官邸召开内阁会议。零点看书适日本外务省突接衫村濬之急电，报告朝鲜政府已向袁世凯提出中国出兵的请求。陆奥宗光如获至宝，持此电出席内阁会议，首先将电文交给阁员们传阅。然后，陆奥提出意见说：“如果中国确有向朝鲜派遣军队的事实，不问其用任何名义，我国也必须向朝鲜派遣相当的军队，以备不测，并维持中日两国在朝鲜的均势。”当时，伊藤内阁正陷于危机之中。伊藤博文所处的地位是，要么实行内阁总辞职，要么解散议会：二者必居其一。而且，他本人已决意采取后一种手段。杉村的急电和陆奥的意见，不仅使政府排除上述两种手段有了可能，而且提供了把国内矛盾转向国外的绝好时机。因此，阁员莫不同意陆奥的意见。于是，伊藤立即派人请参谋总长有栖川炽仁亲王和参谋次长川上操六参加会议，并对出兵朝鲜问题作出了秘密决议。伊藤随即携带此项秘密决议进宫，上奏于明治天皇，得到了裁可。当天夜里，陆奥宗光和外务次官林董将川上操六请到外相官邸，三人对坐讨沦落实出兵朝鲜的计划。讨论中一致认为；日本出兵，必然要与清兵发生对抗。中国所派军队当不至于超过五千人，而日本要居于必胜地位，需要六千至七千兵力。如果中国进一步增加兵力，日本也要增派一个师团。因此，应作派出一个师团的准备，而首先派出一个混成旅团。林董后来回忆说：当天的会议“不是议论怎么和平解决问题，而是讨论了怎样进行作战和如何取胜的问题”。
六月三日，袁世凯派译员蔡绍基通知杉村濬，朝鲜政府已经正式提出请求派遣援兵。杉村立即急电报告政府。同时，日本驻中国临时公使小村寿太郎也有报告到外务省。四日，陆奥命大鸟圭介即日到外务省，授以训令，命其迅速回任。大鸟临行前，陆奥又特别指示：“倘局势紧急不及请示本国训令时，该公使得采取认为适当的便宜措施。”尽管陆奥后来自我辩解说：“在这种形势下，对派往外国的使节给与非常的权力，也是不得已的。”这实际上是把挑起战端的任务完全交给了大鸟。五日，日本根据战时条例，正式成立了大本营。
按照战时大本营条例，军事动员计划，出兵数量以及运输计划等等都完全归军事统帅掌管，而由大本营决定，内阁大臣在法制方面也无权进行干预。当时，日本仅决定派出一个混成旅团，从指挥上说，并无设立如此庞大的大本营之必要。其所以如此，盖日本参谋本部早有必战之心，而伊藤博文在外交上尚颇有顾虑。一时举棋不定，军部正可借此收取内阁“对清，韩
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