战斗已经停止，如血般的残阳正照耀着战场。[173]大理城墙外的三里范围内，散落着无数尸体。做为胜利者明军将士，正看管着投降的清兵，让他们收敛战死者的遗体，捡起遗落在战场上的装备。
在马宝逃跑后不久，大理城门大开，明军先以为清军是放溃兵入城，于是靳统武停止追击，拨转马头抢占城门，谁知明军来到城下后，却见大理城上升起了白旗。靳统武见此，连忙让王道亨部率先入城，马思良部紧随其后。而自己再度整顿骑兵，准备追击马宝部。ｔｚ
然而靳统武刚刚整顿好骑兵，便听见号角之声从后队传来，这是中军下令停止追击，整顿兵马之意。于是靳统武只能下令骑兵后撤，与步卒汇合。
下令停止追击的人正是朱慈煊，尽管李定国希望追击，但是朱慈煊却明白，单凭骑兵，是无法消灭马宝的。若是逼的太急，马宝和其残余兵力扔掉马匹，往大山中一窜，那自己非得在大理安排大量兵马留守不可。既然他跑了，而自己又得到了一个完整的大理，不如放他一条生路，让他逃回昆明，以便以后一网打尽。
而原本监视大理西门的陈虎部，见大理竖起降旗，又大开城门，二话不说便起兵入城，控制了西门。并且率先到达了马惟兴府上。此时的马惟兴府中，只有十名亲兵和马惟兴的家眷，见明军将领来，这些亲兵按马惟兴之意，举府以降，只是希望明军不要入府骚扰家眷。陈虎听后表示明军不会骚扰家眷，但必须入府，同时要求这些亲兵将马惟兴的家眷仆人都集中到大厅和几间屋子里，以便明军看管。
马惟兴的亲兵见陈虎部皆是西式板甲，以为乃是天子的御林亲军，于是也不敢反驳，只得按要求做了。
不得不说，马惟兴自尽前，对大理还是安排的非常妥当的。他令城中士卒，上街维护治安，以免宵小趁机祸乱城中。同时又令人看住城中的仓库等地，以防有失。明军入城之后，毫不费力便接管了整个大理城，同时收拢进城溃军，并与投降的清兵一起，看管在城中军营校场之中。
随后，朱慈煊与李定国一起入城，并登上南门，看了自尽的马惟兴遗体。毕竟是多年战友，李定国见了马惟兴遗体后，不由得连连叹气。朱慈煊倒也没说什么，只是告诉始终留在马惟兴身旁的两名亲兵，让他们收敛马惟兴遗体，然后找口棺材以便下葬。同时下令凡是投降的清兵，一律出城帮助清理战场。
在后面的两天里，此战结果也已清理出来，清军战死者三千余人，另外有两千来人受伤，投降者五
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