台湾南部登陆，攻克荷兰殖民者的巢穴赤嵌城(今安平)。次年，荷兰总督投降，郑氏占领台湾。
康熙二年（1663年癸卯）
五月诏天下钱粮统归户部，部寺应用，俱向户部领取，著为令。为慈和皇太后上尊谥孝康熙慈和庄懿恭惠崇天育圣皇后。奉移世祖梓宫往孝陵，奉安地宫。
康熙三年（1664年甲辰）
四月鳌拜奏内大臣费扬古之子侍卫倭赫擅骑御马，费扬古怨，被籍家弃市。诏令工部织染局归内务府。
康熙四年（1665年乙巳）
九月册立辅臣索尼之孙女赫舍里氏为皇后。
十月康熙帝首至南苑校射行围。
康熙五年（1666年丙午）
十二月鳌拜矫旨杀苏纳海、朱昌祚、王登连。
康熙六年（1667年丁未）
正月封世祖第二子皇兄福全为裕亲王。
六月，索尼病死。
七月，康熙亲政。
九月命修《世祖实录》。康亲王杰书议苏克萨哈罪。十一月冬至，祀天于圜丘，奉世祖章皇帝配享。
康熙十年（1671年辛亥）
正月封世祖第五子常宁为恭亲王。
二月命编纂《孝经衍义》。
康熙十一年（1672年壬子）
二月康熙帝至先农坛首次行耕耤礼。朝日于东郊。
爱新觉罗·胤禔（1672-1734年）出生，是为皇长子
康熙十二年（1673年癸丑）
正月幸南苑，大阅八旗将士。此后或行大阅于卢沟桥，或玉泉山，或多伦诺尔；地无一定，时间亦不以三年为限。三藩之乱爆发。
再次禁止虐待奴仆和殉
准格尔部内乱
康熙十三年（1674年甲寅）
五月皇次子胤礽生，皇后崩于坤宁宫，谥号“仁孝皇后”
十二月康熙帝拟前往亲征三藩叛乱，王大臣以京师为根本重地，且太皇太后年事已高，力谏乃止。提督王辅臣陕西策应三藩叛乱，杀经略莫洛。
爱新觉罗胤礽（嫡长子，皇次子）出世
康熙十四年（1675年乙卯）
康熙出巡图
四月以上谕确立经筵的形式为侍臣进讲，然后皇帝复讲，互相讨论以达到对经义有所阐发。
十二月册嫡子胤礽为皇太子，诏告天下
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