多尔衮撤走之后，朱由检的精神稍微好了一些，但接下来在京城蔓延的黑死病，令朱由检再次遭受到沉重的打击，他并非是觉得黑死病可怕，其实这种病，早先就出现过，无非是难以抵御，多死一些人罢了，可这次的黑死病，竟然令造反的苏天成，以及那个非法的大晋朝廷，得到很多人的支持了，从锦衣卫和东厂禀报的情况来看，人心的向背非常清楚了。
朱由检没有睡大觉，东厂和锦衣卫成为了他的眼线，一些朝中的文武大臣，偷偷离开京城，去投奔苏天成，这他是清楚的，而且后来锦衣卫和东厂采取了颇为残酷的镇压措施，凡是发现逃离京城的官吏，一旦发现之后，不论是什么缘由，也不管官居几品，一律都是格杀勿论，主要的家眷同样不会放过。
尽管镇压的手段如此的残酷，可还是不能够禁止朝廷官吏的逃亡。
朱由检已经想不到什么好的办法，来维系朝廷的正常运转了，春耕马上就要开始，真正进入到青黄不接的季节，辽东边军等着朝廷拨付军饷，可朝廷哪里还拿得出来银子，去岁的赋税，因为江宁营的征伐，几乎就没有收到什么，就连朝中文武大臣的俸禄，几乎都维持不下去了，就更不要说拨付军饷的事宜了。
想到以前变卖宫里的人参，朱由检恍惚觉得，那就是昨日的事情，今日又遇见这等的麻烦了，只不过这次的麻烦是致命的。
王承恩也提出来了建议，让朝中文武大臣以及京城的士绅富户募捐，捐出来银子维系开销，当然在王承恩看来。这样的情况很快就会过去的，大明朝廷有惊无险，依旧会像从前一样，可惜王承恩的这种认识，就连朱由检都不相信了。
京城的黑死病，依旧在蔓延。造成的损失是惨重的，特别是在正月十五左右，宫里也有好些人染病了，按照苏天成写来的信函，王承恩毫不客气的进行了清理，凡是染病的太监和宫女，悉数都隔离起来了，关押在后花园的房间里面，不会救治。也无人理睬，这些人凄惨在宫里死去之后，尸体马上就焚烧了，烧成灰之后，还要深埋，这样做的结果，就是令宫里的人都有些人人自危的感觉了。但效果也是明显的，那就是宫里没有蔓延黑死病。
最大的损失。还是要算京营。
京营的军士，在不知情的情况之下。感染了黑死病，要知道军士都是住在一起的，一个人染病了，意味着很多人跟着染病，周延儒和王承恩都清楚，军营里面黑死病绝对不能够蔓延。若不然目前唯一能够护卫京城的军队就要垮掉了，到了那个时候，不管是江宁
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