葡萄牙人第二次派出到达印度的舰队由一位傲慢的贵族卡布拉尔带领，他在到达印度后，十分蛮横的要求当地的小邦国要把香料优先买给他，这严重损害了当时垄断香料贸易的穆斯林商人的利益，而穆斯林在各个小国都拥有重大的影响力，于是最后冲突不可避免的爆发了。
最开始时，那位带领舰队的葡萄牙贵族卡布拉尔武力洗劫一艘穆斯林商船，而且杀死了船上的所有人，这引起了当地穆斯林的愤怒，于是他们联合起来袭击了葡萄牙人在印度的商站，并杀死了五十多名葡萄牙人，这下让卡布拉尔更加愤怒，炮轰了商站所在的那座印度人的重要港口，洗劫了港口中的商船，并且屠杀了六百多名无辜的船民。
葡萄牙人的残暴行为，自然使得当地的穆斯林商人对他们无比仇视，但当时印度西海岸小国林立，葡萄牙人在那个邦国内的屠杀，却引起与这个邦国有仇的一些国家的示好，于是葡萄牙利用印度人的分裂，很快又在印度西海岸的其它地方站稳脚根，不过他们与穆斯林商人之间的仇恨却更加不可化解了。
两年之后，达.伽马再次带着庞大的葡萄牙舰队到达印度，这个葡萄牙贵族出身的航海家比之前的卡布拉尔更加的强硬和蛮横，他刚到达到印度，就俘虏了一艘到麦加朝圣的船只，船上近四百人全都被他屠杀，其中有相当一部分是女人和儿童。
另外达.伽马还用武力威胁印度西海岸的小邦国，并与另外一个邦国签订了对葡萄牙十分有利的商贸协议，而且在此期间，达.伽马还与当地的邦国发生了海战，不过他仅仅用了四艘战船，就打败了对方五十多艘船。而且葡萄牙人自身的损失极小，之所以造成如此悬殊的战果，最关键的就是技术上的巨大差距。
葡萄牙人使用的战船正是欧洲最流行的克拉克船。这种船正是大名鼎鼎的盖伦船的前身，比印度人的战船要强大上无数倍。而且他们的船上还装载着重炮，印度人的那种原始战船在他们面前，根本就没有任何还手之力。
经过这场海战之后，葡萄牙人终于完全的在印度站稳了脚根，而且他们也把海上贸易从穆斯林商人手中抢走了一部分，而且这时他们的力量虽然还没能完全征服整个印度西海岸，但却也已经成长为当地的一个不可忽视的势力。并且开始一步步蚕食穆斯林商人的海上贸易。
等到1504年，也就是正德皇帝登基的前一年，葡萄牙正式与印度一个名叫柯钦的小邦国结盟，并且在对方的帮助下。建造了一座真正属于葡萄牙人的港口——曼努埃尔，这座港
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