领导决策层，是以马鹿为，包含五影和铁之国三船大将各国影级人物。．．
最高统帅：克组织领马鹿
副统帅：四代雷影艾
总参谋：五代火影纲手
参谋：木叶村上忍奈良鹿久云隐村女上忍麻布依
联军总队长（统领忍者联军的特别部队和作战部队）：五代风影我爱罗
总指挥部设置在火之国木叶村的火影阁
特别部队包含：感知部队情报部队侦查小队医疗后勤部队大名护卫队和奇袭部队。
各队具体职责和人事任免如下：
感知部队：以克青为队长，负责感知敌人方位。
情报部队：以木叶村山中亥一为队长，负责接收传送情报。
侦察小队：以木叶村御手洗红豆为队长，负责侦查前沿阵地敌军情况变动。
医疗后勤部队：以木叶村静音为队长，负责救助伤员和后勤保障。
大名护卫队：以五代水影照美冥为队长，负责保护大名，防止以晓组织为的敌军绑架大名而对忍者联军进行要挟。
奇袭部队：以克砂隐村勘九郎为队长，对敌人进行试探和偷袭。
战斗部队又划分为五个小队：具体情况和人员任免情况如下：
第一小队，是中距离联合军分队，主力为擅长暗器和武器的忍者。以云隐村的达鲁伊为小队长，包含天天秋道丁座日向日足萨姆依阿赤伊钢子铁神月出云等精英忍者在内。
第二小队：近战联合军分队，是战斗在最前线的队伍。以岩隐村的黄土为小队长，包含黑土日向宁次卡茹依日向雏田等精英忍者在内。
第三小队：战斗近中距离联合军分队，负责持久战，成员须兼备体力和度的忍者才能胜任，以木叶村的旗木卡卡西为小队长，包含迈特凯李洛克山中三田奈良盐水真树等精英忍者在内。
第四小队：远距离战斗联合军分队，同时负责支援前线及后方的部队。以五代风影我爱罗为小队长，奈良鹿丸为副小队长，包含手鞠等精英忍者在内。
第五小队：战斗特别部队，使用特殊忍术及战斗方法的部队，以铁之国大将三船为小队长，包含油女志乃犬冢牙山中井野犬冢花，佐井等精英忍者在内。
四代雷影的忍者联合军队任务分布和人事任免一宣布，在场的众人一片哗然。
从来没有想到云隐村竟然将各国的精英忍者调查地这么详细清楚。而且四代雷影早就拟定好这
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