大同军曾与马士英联手围剿英霍山区的流寇，临走还在蕲州斩杀张献忠，与张献忠余部已成死敌，任由孙可望占据四川必是大患——大都督府非常清楚这一点，利用秋操的机会把侯世杰的步一镇、孙守法的步二镇、铁彪的步九镇调到汉中，把合赤烈的藏区和硕特骑兵调到打箭炉，提前做好出兵的准备，但因为议院没有通过出兵决议，粮饷、军械无法保障，大军迟迟不能展开行动。
说到底，议院还是舍不得钱，以孙庭耀为首的秦商答应出这笔军费，但提出条件——四川将自流井、贡井的盐和长江航道交给他们经营，四川巡抚龙文光和秦商反复讨价还价，好不容易达成协议，这帮家伙又开始耍赖，这件事一拖再拖，众议院直到十月底才通过出兵决议。军费有了着落，总统府立刻任命杨文岳为四川统领、龙文光为布政使、孙守法为提督军务、李国英为赞画军务，各路大军即刻启程，从北面、西面夹攻四川流贼。
这时，四川已打成一片糜烂，孙可望四月初沿长江大举进攻，大败明将秦良玉、曹英等人，攻取重镇重庆、泸州，随后挥军北上直驱CD，沿途所向披靡。南京朝廷也有所动作，辗转云贵传来诏书，授命王应熊以兵部尚书衔总督川湖云贵军务，并赐尚方宝剑——朝廷只字不提援兵、粮饷，却把麻烦塞给闲赋在家的王应熊，显然对争夺四川已无信心。
流贼一路顺风打到CD，川民苦于苛政久矣，听到流贼“蠲免三年租税”的口号便争相投顺，CD在八月初失陷，蜀王及前四川巡抚陈士奇等一批宗室、高官被擒杀。
王应熊从大同赶往巴县老家，在路上接到诏书，老家伙对朝廷的信任感激涕零，决心以身报国，还没弄清楚战况如何便下令四川各地官军赶赴CD与贼决一死战。这时候哪还有多少官军呀，各地只好驱赶百姓凑数，这支乌合之众还没到CD，便被流贼打得溃不成军，王应熊无力回天，带着参将杨展、曾英等人的残部逃往顺庆。
孙可望如愿以偿夺取CD，屁股还没坐热，不料背后又钻出个马科，这家伙打着大顺的旗号攻占夔州后奔袭重庆，留守川东的流贼大将艾能奇措手不及，被打得落荒而逃，重庆告急，孙可望只好暂时放过王应熊，回过头去打马科。
马科兵少不敢硬打，发现贼军主力扑来，马上逃向汉中，途经顺庆与王应熊的残兵相遇，双方都打起坏主意——马科的队伍不足万人，但老底子是山海关边军，战力绝对不差，王应熊有心收为己用，派人劝说马科反正听从他老人家号令，以前投降李自成的事既往不咎
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