兰斯洛特从西比阿的记忆中，见证了帝皇之子的堕落和那场残酷的大屠杀。发生在伊斯塔万星系的悲剧，为帝国造成了无法挽回的巨大损失。依然忠诚于帝国的荷鲁斯之子、帝皇之子和死亡守卫的星际战士，在帝皇之子连长萨乌耳·塔维兹，影月苍狼第十连长盖沃·洛肯，死亡守卫第七大连长内森尼尔·加罗等人的带领下拼死奋战，最终逃回帝国，并向帝皇报告了这场史无前例的大叛乱。受命出征平叛的八支军团，除了帝国之拳因为亚空间风暴的阻隔而没有抵达伊斯塔万星系外，其余七支军团先后抵达了伊斯塔万星系，然而等待他们的，并不是光荣的战斗，而是可耻的背叛与残酷的屠杀。
最终帝国二十支星际战士军团，荷鲁斯之子、帝皇之子、吞世者、死亡守卫、钢铁勇士、怀言者、暗夜领主以及阿尔法八只支军团叛变，暗鸦守卫、钢铁之手和火蜥蜴军团被重创，钢铁之手军团的军团长——基因原体菲鲁斯·玛努斯被帝皇之子的军团长福根斩首。
伊斯塔万大屠杀之后，荷鲁斯之子挥军直逼神圣泰拉，而此时因为违反帝皇禁令以及混沌的侵蚀，帝国最强的灵能使用者，千疮之子军团也背叛了帝国。在随后的泰拉之战中，荷鲁斯同帝皇陛下在荷鲁斯的座舰上进行了一场决定帝国命运的决斗，最终荷鲁斯在帝皇陛下灵能的净化下获得了短暂的清醒，带着无尽的悔恨死于帝皇之手。然而帝皇陛下因为还对荷鲁斯抱有希望，圣血天使军团军团长——基因原体圣吉列斯惨遭荷鲁斯杀害，帝皇本人也重伤垂死。
大叛乱结束了，然而它所带来的影响，彻底改变了帝国的命运。在接下来的一万年里，叛变的九只军团躲进恐怖之眼，背叛帝国的九位基因原体中除了荷鲁斯死于神圣泰拉之外，暗夜领主军团军团长康瑞得·克兹死于帝国卡利杜斯刺客的“刺杀”，阿尔法军团的双子原体下落不明，其余六位基因原体在混沌邪神的力量下升格为了恶魔王子。
何露斯虽然被击败了，但帝国已经满目疮痍。战后，二十基因原体中最擅长治国方略的一位，极限战士军团的原体罗伯特·基里曼，领导了帝国的重建。在这个过程中，他撰写了阿斯塔特圣典，为帝国今后的军事和政治体制奠定了根基。其中提出的一项重大变革，就是星际战士军团的拆分。每个星际战士军团要被拆分成许多一千人规模的“战团”，只有一个战团能够继承原军团的名号和徽章，其余的战团将被赋予新的名称和涂装。这阻止了过多的军力被掌握在一人之手，从而防止再发生何露斯之乱这样的悲剧。这一过程被称为
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