李云崖在体制架构上面，进一步削弱皇权，提高相权,使皇权和相权相互制约,又将军政分离，监察行政分离，进行君主立宪，从传统的外儒内法走向外法内儒,百家齐放。%し
他的另一项改革措施,是对行政体制进行大改,中华文明原来的中心是在关中地区，从周朝开始，一直到秦、汉、隋、唐等,全国人口密度最大，最繁荣发达的地方就是关中,但是发展到后来，河北地区、黄淮地区、江南地区相继发展起来，汉末十八路诸侯讨董,就是关东诸侯跟关中诸侯的决战,后来隋末混战,李家得天下也是一样。
随着时代的发展变化，关中地区逐渐没落，历朝历代开始不再把长安列为定都首选，宋朝就定都开封，明朝先定南京，后迁都北京，中华文明整体东移，西北的关中地区就逐渐没落下来，异族入侵，外国骚扰，西北始终不得安宁，至于古时候的丝绸之路，更是断绝久矣。
李云崖将明朝原来的三司衙门废除，全国设省，省下设府，府下设县，县下设乡，最低的官员为乡长，乡下设村，在不违反国家法律的情况下，允许各村自制。
首先将北直隶改为河北省，南直隶改为江苏省，把安徽省抠出来，跟江西省相对立，湖广拆分为湖南、湖北，这样做的好处是，一旦天下有变，南方不能连成一片搞独立对抗北方，形成割据政权，北方要打到南方，一条路先取襄阳，然后沿江而下，一条路直接从合肥濡须口渡江，过去历朝历代都在这两条路上损失惨重，现在大明地盘更大了，要兼顾到蒙古高原和西伯利亚，对南方的约束就更显得精力不够了，所以一定要防微杜渐，提前做好准备。
再就是蜀地，由于四川盆地周围都是大山，关起门来，外面人很难打的进去，一旦天下右边，四川盆地里面都是最先跳起来独立的，每个朝代都是一样，为了避免这种情况发生，当初蒙元时代将汉中划分到陕西省，打开了四川盆地的北大门，李云崖跟朱由检商议之后，决定再进一步，将川渝分家，从四川跟湖广各抠出一块来，再设立一个单独的省，叫做巴渝省，将四川盆地的西大门也打开，再继续沿用古制，利用云南跟贵州对四川外围进行瓜分限制。
作为中央决策者，最重要的就是杜绝各地方的割据，避免形成干弱枝强的局面，唐代藩镇割据引得五十余年分裂战乱的惨痛教训，绝不能再发生，俗话说“家大业大，容易散架”，现在地盘比过去多了一倍，人口更多而且复杂，每一个政策都会影响到数以百万的人，所以必须精打细算。
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