有了天皇的授权，有了伊藤博文的财政支持，儿玉源太郎可以执行他的计划了。
从7月3日开始，由大久保春野少将指挥的日军第十二师团，从海路离开东北，在“自卫舰队”的护航下，前往京畿地区的伊势湾。同时儿玉源太郎也出发前往京都，直接指挥第十四师团。
所谓“自卫舰队”，就是以浪速舰和筑紫舰为核心，加上残存的警备舰队的一些炮舰，包括千代田形、富士山、迅鲸、清辉、砻城、凤翔、甲铁、龙骧、满珠、千珠等，这已经是日本海军仅剩的本钱了。为了避免中国赶尽杀绝，直接起名为“自卫舰队”，表示对邻国没有任何敌意。
从7月初到7月底，儿玉源太郎率领两个师团的兵力，软硬兼施，对京畿地区大肆清剿。这些地区的叛军虽然人数众多，但是零零散散，形不成规模，有时候叛军之间还会互相冲突。政府军因此可以分化瓦解，各个击破。
到了7月26日，神户，大阪，京都，名古屋等各地基本已经被平定，随后政府军开始向西南方向一路平推，仅仅半个月间，数千人被杀，十余万人溃散，整个中国地区（日本地名）已经恢复了秩序。
局势发展的速度之快，大大出乎丁云桐的预料，他一直紧密关注着，虽然为时尚早，但觉得日本内战结束的曙光已经出现。而且政府命令下达之后，下面一呼百应，军令下达之后，将士奋战，雷厉风行，说明政府的凝聚力还在，希望还在，日本的元气尚存。
这也引起了丁云桐的警惕，目前虽然可以冷眼旁观，但只要日本能渡过这个难关，恢复的速度一定会超乎想象，到时候说不定又是一个劲敌，因此下一次打击日本的时间要大大提前。同时，也要对将来殖民和吞并日本，做一些未雨绸缪的准备。
在几年前，丁云桐曾经让薛福成找了一批十五六岁的小孩，送到日本由胡震负责，学习日本的文化，语言和风俗，学习着如何融入日本社会。至于为什么要十五六岁，因为如果年龄太小的话，对中国情感还未完全建立，反而容易被日本人同化掉。
这个计划有着很深远的考虑，将来中国要殖民或控制日本，必须要有一批合适的代理人，这些伪装成日本人的小孩，只要有资金扶持，将来完全可以进入政界，成为中国在日本最好的卧底。
丁云桐觉得现在可以采取行动了，他命令薛福成选择一些表现优异突出的年轻人，尝试着送入日本政府机构，从基层的公务员做起。而且目前是内战年代，各种审核检查机制都很难执行，正好适合
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