本来科尔沁部落依靠着水草丰美的科尔沁草原不断壮大，人口已经达到了十万左右，但皇太极的一个挥师入关的命令，却让他们的发展受到了极大阻碍。吴克善留了个心眼，将三万多部众和五千骑兵留在了科尔沁草原，希望留住自己的根基，结果却被蜂拥而至的唐军消灭，让科尔沁部落白白损失了小半人口。
入关之后各族只会放牧而不会耕种，在关内放牧却又没有那么多草场，结果牲畜规模难以扩大，反而限制了各部的发展，因此也激起了蒙古各部的不满。在这种情况下，与清军关系最近的科尔沁部落遭受的声望打击最大。他们本来是已经成为蒙古诸部中隐隐的第一大部落，但随着大量人口的损失，以及诸部将对清军的怨念投注在科尔沁部身上，让吴克善的位置变得尴尬了起来。
清军进入长城之后，几乎是被困在了北直隶，他们缺少放牧的土地，也缺少继续进攻的兵力，这一点皇太极早已觉察到了。
为了改变这种局面，皇太极首先决定的就是重新组建华军，不过为了避免与辽东华军重叠，他将关内的华军更名为绿营。绿营的总管就是如今的兵部尚书洪承畴，以及被从大牢里解放出来，已经投靠了满清的吴三桂。两人将投降的十多万京营士兵，以及周边征集来的壮丁按照八旗编制进行训练，并很快编组成绿营八旗。
绿营的兵力极大的补充了满清兵力，尤其是有了这支炮灰队伍，皇太极对攻城的底气大了许多，加之北直隶的草场实在太少，各部清军开始以满蒙八旗和绿营混编出击，继续侵占大明的疆土。
失去了北京的皇帝和朝廷，北方各地没有了统一指挥，各府县都陷入了各自为战的境地。清军以济尔哈朗指挥一路进攻山东，一路以阿济格为首进攻河南，另一路以多尔衮和豪格为首进攻山西。
济尔哈朗很快攻陷了山东西三府，但在进攻东三府的时候，却遭到了天雄军的顽强抵抗。卢象升素来擅长练兵，他手下的天雄军战斗力绝不差于满清骑兵，加上丘陵区的地利优势，结果让济尔哈朗害怕损失太大而放弃了比较贫瘠的山东东三府之地，转而进攻安徽的张献忠。
多尔衮足智多谋，他以分进合击的战略，打乱了山西明军的防御计划，很快占据了大同府附近许多地区，兵锋直指太原府。
最倒霉的就是阿济格了，他率领的大军刚刚进入河南，就被阻挡在了开封城下。此时的河南府、汝州府和汝宁府都与南阳府一样，成为了唐军控制的区域，而开封府虽然尚未有明军进入，但这里却有还算贤明
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