10月下旬，上海及周边地区的阵地战显露了临近结束的迹象。11月9日，中国陆军开始了部分撤退。上海市约5平方公里的城区和大部分的郊区被来自陆海空的轰炸所破坏。将近25万中国人被杀害，包括许多在前线战斗的妇女和儿童。日本方面的死亡人数是9115名，受伤人数为31257万名。11月中旬，中国军队的抵抗全线崩溃。当时的形势是，中岛今朝吾中将率领的上海派遣军第十六师团在长江沿岸的白茆江没遇抵抗地成功登陆，并且将与一周前在杭州湾北岸登陆的柳川平助中将率领的第十军会合，对中国军队造成威胁。丧失了斗志、组织混乱的蒋介石士兵，暴露在日本海军航空队的猛烈轰炸和机关枪扫射下，还有日本炮舰的炮轰之下，他们穿过长江沿岸的村庄和城镇慌乱地撤向约300公里之外的南京。
日本军拥有装备优势，但是休息和补给严重不足，尽管如此，日军各纵队继续向西推进，对中国军队进行紧急追击。上海派遣军当初的目的只是在上海地区从事有限度的战争并避免与英国和美国发生摩擦。然而，随着战地司令官无视东京的上级指挥权开始独断滥用职权，这些制约都被置之不顾。第一次与中国普通平民直接接触的部队（他们在整个上海战役中一直都在杀害俘虏），现在被命令可以无视战斗人员和非战斗人员的区别。例如，11月11日的步兵第六连队第二大队的攻击令名言：“一般良民皆于城内避难，因此，所有城外者均按怀有敌意者论处予以消灭。”“烧毁房屋、准备物资便于扫荡行动。”
向南京进军的日本军各部队沿主要干道和铁路干线向内地推进时，烧毁劫掠村庄和城镇，对大批中国军队和避难的平民进行了追击。12月1日，裕仁新设立的大本营命令第十军和上海派遣军从不同方向包围南京。第二天，朝香亲王被任命为上海派遣军司令，当时健康状况不佳的松井石根大将被提升统帅中方面军，这支部队由上海派遣军和第十军组成。12月8日，朝香率领的部队开始攻打南京防御阵地。只经过了5天的抵抗，拥有大约40到50万人口、有城墙环绕的南京于12月13日陷落。
没有任何“洗劫”南京的命令。大本营也没有下令将消灭全体敌人作为南京包围战役的最终目标。不过，确实有不留俘虏的明确命令。南京一陷落，日本兵便开始集体处决俘虏和缴械投降的逃兵。他们还进行了空前的、作战计划外的纵火、掠夺、杀人和强奸等残暴行为。由此导致的大屠杀在城内和附近6个村庄持续了3个月，远远超出了前期在上海战役
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