1939年1月4日，近卫辞职。因为他既无法结束在中国的战争，也无法在与纳粹德国的军事同盟问题上统一内阁的意见。他的离去为三代后任内阁将“圣战”继续推向前进开辟了道路，这三位继任者是前枢密院议长平沼，阿部信行将军和米内大将。日本帮助汪精卫在南京建立一个与蒋介石对抗政权的协调工作即将开始，可是它还没有打垮蒋介石。相反，肆无忌惮、惨无人道的日本军队无论走到哪里，都会激起强烈的民族抵抗精神。日本军无法维持对广大农村的有效控制，前线被迫扩大，补给和交通线也都延伸至极限。很快，在中国的日本军无论是军事上，还是政治上都产生了无望的挫败感。就在此时，第二次世界大战在欧洲展开，日本的统治集团开始想像德国军事力量的抬头将为他们走出困境开辟道路。
接受辞职的近卫首相的推荐，1939年初，天皇任命平沼为近卫的继任者。平沼是陆军强有力的支持者，曾被裕仁认为是一个彻底的法西斯主义者。然而，1936年的陆军叛乱事件以来，他与激进的右翼有些疏远，并解散了“国本社”，在西园寺亲王的竭力主张下与宫廷内臣建立了关系。如今，在财政大臣池田成彬和宫廷派的指导下，平沼进一步重新检讨了自己，表示保证不会匆忙地与纳粹德国结成军事同盟与英美为敌。在与德国结盟问题上，平沼部分改变了态度，这足以使他得到裕仁的欢心。
之后的9个月中，平沼要着手解决的不光是陷入僵局的中国战争所引起的军事及外交上的问题，还有与苏联的问题。5月，关东军在“满洲国”西北部和外蒙古（蒙古人民共和国）边界上的诺门坎附近与苏联蒙古军发生冲突。战斗很快发展成为一场全面的边境战争，动用了大量的坦克、大炮和飞机。尽管关东军将生物武器搬到了前线，没有确实证据显示他们是不是如后来被指控的那样，真的对蒙古和苏联军队使用了细菌武器。诺门坎的战斗一直持续到9月15日，直到苏联的莫洛托夫外长和日本的东乡茂德大使在莫斯科签署了停战协定。
除去“满洲国”的预备军，日军战死、负伤及失踪人数总计超过18925万人，差不多损失了整整一个师团。对这次令日军大败的诺门坎事件负有责任的关东军司令官植田谦吉和他的两名高级参谋辻政信少校和服部卓四郎中校，仅仅是辞职了事，而陆军的作战计划和用兵方略都没有被重新考虑。天皇再一次克制了自己没有处罚任何人。1941年，他甚至允许将辻和服部晋升到参谋本部担任要职，就像他曾经批准策划了满洲事变的罪犯
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