东京审判，尽管有程序上的不完善和复杂的政治性问题，仍对日本国民和他们对战败的看法产生了多方面的影响。一些右派对审判持高度批判的态度、充满愤恨和恼怒，决不肯对日本的侵略进行反省。岸信介在巢鸭监狱写下的日记中，将战犯审判描述成“闹剧”，并将他此后的政治生命都倾注到了清除审判的影响中。其他的右派分子对日本在世界面前被剥得精光感到非常耻辱，努力无视审判的存在，忘记这场审判，拒绝接受任何正面的政治和文化上的教训。前保守派总理大臣芦田均预言审判不会在国内激起巨大的反响。
共产党实际上是惟一积极要求追究战争责任并严惩被判定有罪的罪犯的。但是在学术界，信奉马克思主义的知识分子则倾向于不接受东京审判，因为它失去了一次加深日本民主化的机会，缺乏历史意义。他们指出，为了让国家首脑逃脱责任，法庭宪章都被修改，麦克阿瑟全面豁免了天皇和国家实业界、财界的领袖，破坏了司法程序。另外一些马克思主义历史学家也正确地指出，因为审判使导致战争的过程变成了“以极端军国主义者与稳健的政治指导者的对抗为中心的过程”，因此说东京审判助长了精英政治史观。然而，在学界之外，根据1948年8月的一份美国军事情报报告，大多数日本国民对被指控的国家领导人持“消极”态度，但还是认为他们在这种情况下受到了公正的审判。判决下达后，民众对审判的肯定反应，表现在对重建、改进和将日本变成一个真正的“和平国家”所投入的持续努力中。
关于这一点也许有人会说：如果这些被告因违抗天皇的“和平精神”在日本法庭受审的话，很让人怀疑他们能够受到同样公正的对待。这是通过在牧野伸显的文书中发现的、被认为可能是币原内阁时期的一份没有标明日期的文件——为审判和宣判死刑而制定的紧急敕令草案——推断出来的。
更为重要的是，东京审判绝不是一个简单的对抗性诉讼，使胜者直接与败者对立。帕尔的“胜者的审判”的激烈批判极端简单化，而且现在仍然存在这个问题，阻碍了人们理解东京审判的实况。实际上，东京审判是一个美日合作的政治审判。在审判的准备阶段，裕仁与身边的人就在幕后进行了参与，帮助选定将受到战争犯罪指控的人选，并对他们施加了影响。天皇的亲信寺崎和松平充当了草拟被告名单的ＩＰＳ执行委员会成员的情报提供人。试图保护天皇和重臣的其他随从也是如此。宫廷高官和外务省官员指示巢鸭监狱的Ａ级战犯嫌疑人该如何发言，同时，他们还培养了与
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