南京皇宫始建于元至正二十六年，初称“吴王新宫”，后又称"皇城"。由于当时朱元璋尚未称帝，规模有限，只有中路的外朝和内廷建筑，东西两侧空地均未兴建宫室。新宫东西宽790米，南北长750米，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼；后为华盖殿，谨身殿，内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。
明洪武元年（1368年），朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城。由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止。此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修。明洪武八年（1375年）朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京。此次修建，增设午门左右两阙，在奉天门左右增加东西角门，并增建文华殿，武英殿等建筑。洪武二十五年（1392年），再次增建，在皇城外增设宫墙，以新墙之内为皇城，原皇城改称宫城。在宫城前建造了端门，承天门，金水桥等建筑……
明正统十四年夏六月，天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。嘉靖元年秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏。此后百年间，南京皇宫鲜有修葺，风吹雨打，损坏严重。
当曹变蛟护着定王和永王进入皇城之后，看到的是满目疮痍，自成祖迁都北京之后，南京就几近荒芜了，曹变蛟也是唏嘘不已，连中央大殿金銮殿都一片废墟，曹变蛟也是很意外，这还真不是皇宫应有的模样啊！
“二位殿下，下臣已经命人收拾好了内宫，可以立即入住。”史可法在前头领路，带着他们进入内皇城，也是一脸的尴尬之色，谁都没有料到过会有这么一天，南京会真的成为大明朝的留都，作为中兴大明的根基所在。
“史大人，还是去商议一下登基的事情吧，此事宜早不宜迟，若是再耽搁下去，人心只怕都要离散了，一个个都是忙着争名夺利，国家社稷沦落至此，岂不叫人痛心，二位殿下，你们意下如何？”曹变蛟也是想早些将这件事给定下来，耽搁下去，恐生变数，没有一个稳定的机构来主持整个南方军政，也容易给人可趁之机，这可不是曹变蛟所希望看到的。
“一切都听曹将军的安排，宫廷禁卫、外城防务，也都由曹将军来负责，尔等都是我大明之臣，深受国恩，当尽心竭力，中兴大明，曹将军于群贼之中，救出本王与王弟，忠勇无双，尔等遇事，当多听听曹将军
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