明朝是有商税的，只不过税率很低，具体税率是三十税一，这是太祖年间制定，从那以后再没改变过。
然而明初时，经历了元朝近百年掠夺性的破坏，再加上元末之乱，实在是百废待兴，各地各省早已商旅断绝，便是收商税也收不了多少，再加上朱元璋重农轻商思维，把天下百姓定为农军工士等籍，偏偏没有商籍。也就是说，在朱元璋看来，这大明有没有商人都无所谓，对商税自然不重视。朱元璋曾谕户部，曰：“曩者奸臣聚敛，税及纤悉，朕甚耻焉。自今军民嫁娶丧祭之物，舟车丝布之类，皆勿税。”
从明初就不重视商业，定的商税极低，到后来一直如此，甚至到了明中期以后，大明各地商贸极其繁茂，江南之地很多人家家资十万比比皆是，家资百万为数众多，家资千万者也有不少，这些人家之所以这么有钱，靠的自然是商业贸易。可偏偏，这么繁茂的商业，朝廷征收不到多少商税。
不是皇帝不想，而是没有办法。因为这些经商人家，大都有着士绅背景，绝大部分商业都控制在士绅手中。而到了明中期以后，控制朝廷的便是士绅，他们怎么可能允许皇帝征收商税？
而因为士绅们有优免权，便是征收也征收不到他们头上，只能从普通商户头上搜刮，即便如此，文官们也不允许对商税税制进行改革。便是张居正变法，也没有变到商税上，没有试图改变三十税一的税制，也没有取消士绅优免的举措，因为张居正知道那根本不可能。
以至于后来的明朝皇帝，为了搞钱只能私下派出太监担任税使，派往各地进行搜刮。没办法，都是被逼的！
所以当温体仁提议加征商税的时候，朝中的官员们便如同猫儿被踩了尾巴，他们生怕朱由检再像万历和天启皇帝一样，往各地派出大量太监担任税使，那样的话他们还真的没辙。毕竟太监代表着皇权，各地商户便是有士绅背景也无力抗衡。
所以当听到朱由检说只在北京城内加征商税时，这些官员们顿时松了口气，反对的声音立刻减少了很多。
在朝廷做官，哪怕再富也得保持清廉模样，朝堂上的大部分文官在京师根本不会置办多少产业，他们的主要产业都在地方。而京中大部分产业，大部分商铺，都是勋贵们在经营。大部分勋贵在迁都之初就来到北京，在这里两百多年，盘根错节，早已控制了北京城的大部分生意。
对勋贵们利益受不受损，文官们自然不会在意。
而对勋贵们来说，自然也有优免权，他们的田地、商铺生意
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