.【内阁制的确立】明朝建立初期，职官设置沿袭元朝，中央以中书省、都督府、御史台分掌行政、军事、监察。洪武十三年（1380年），朱元璋撤消中书省，并规定永不设丞相，于是一切政务统归六部，由皇帝直接辖制。因政务繁多，朱元璋从翰林院等文翰机关指派官员加殿阁大学士衔，协助皇帝阅看奏章、草拟诏旨。明成祖时，命翰林院官员入值文渊阁，开始参预机务。仁宗、英宗以后，学士们多是几朝元老，权位愈重，这时内阁已类似唐朝的政事堂了。明世宗嘉靖以后，则“朝位班次，俱列六部之上”，16俨然是宰相之职。由于朱元璋有不准设丞相之约，于是人们称大学士为辅臣、阁老，对首席辅臣则称首辅、元辅。由于翰林学士仅为五品官，于是对内阁大学士多加六部尚书、侍郎等衔，以提高其地位，实际并不真管该部事务。凡大学士兼六部尚书者，一般尊称为“阁部”。
尽管内阁大学士类似于过去的宰相，但是仍与宰相有差别。因为内阁并不是一个正式的最高行政机构，六部也不是它的下属部门，内阁仍带有皇帝私人秘书、顾问的性质。内阁的权力主要体现在“票拟”上，即对各处上呈的奏章提出处理意见，根据皇帝旨意草拟诏令，经皇帝批准后交六部办理。另一方面，内阁还要受制于宦官的“批红”。明朝宦官机构有四司、八局、十二监，其中司礼监的秉笔太监可代替皇帝用朱笔批示奏章公文，这叫作批红。这种做法为宦官弄权提供了方便。为此，内阁辅臣们往往也要俯首听命于宦官。
2.【明朝的九卿】作为朝廷的诸卿，明清两朝都称为某寺卿，而所谓九卿也有了变化，是专指六部尚书以及都察院都御史、通政使、大理寺卿。
明朝六部的名称和职掌与过去基本一致。废中书省后，六部直接向皇帝负责，地位得到提高，各部尚书、侍郎的官位品级也得到提升。
通政使司设于洪武十年（1377年），以通政使为其长官，掌受内外臣民之奏章建言或举告不法等事，并呈报皇帝。所以这是一个下情上达的机构，起着重要的作用。
大理寺以大理寺卿为首长。明朝大理寺不掌审刑，专门负责对重大案件的复核，这一点与唐宋作为最高审判机构完全不同。但是如遇有重大案件，则由大理寺、刑部、都察院共同审理，称为三司会审。如遇特大案件，又要由上述三法司会同各部尚书及通政使共同审理，称为圆审。都察院是明朝的最高监察机构，详情见后。
3.【明朝的五军都督府】明初原设大都督府，以大都
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